UIフォント（レス表示以外の文字描画に使用されるフォント）はメインメニューの「設定」→「UIフォントの変更…」で設定します。
フォントはjavaが認識しているPhysical fontをリストから選択するか、TrueTypeフォントファイルを直接指定します。ファイルに複数のフォントが含まれている場合（.ttc）は下のコンボボックスで選択してください。「スケール」を0以外の値に設定するとUIフォントの大きさを相対的に（+1で1.2倍）変えることができます。
レス表示に使用するフォントは「設定」→「レス表示フォントの変更…」で設定します。
「指定フォントに無い文字は他のフォントを使用する」をチェックすると指定したフォントで表示できない文字でもJREが認識しているフォントでその文字を表示できる場合にはそのフォントを使って表示するようになります。ただしUnicodeのBMP私用領域（Private Use Area, U+E000-U+F8FF）の文字はレス表示フォントで表示できない場合でも他のフォントを探しません。この領域には携帯の絵文字等が含まれ、環境によってはこれらの文字が多く書き込まれているスレッドの表示が極端に遅くなってしまうためです。「私用領域（U+E000〜U+F8FF）も対象にする」をチェックするとBMP私用領域でも「指定フォントに無い文字は他のフォントを使用する」ようになります。
ここではフォントの種類の他、フォントサイズ・行間とアンチエイリアス[default|on|off]も設定できます。（JavaSE6でデスクトップのアンチエイリアス・ClearType設定を反映させたい場合はアンチエイリアシングを"default"にしておいてください。）行間"デフォルト"ではこれまでと同じようにフォントのleadingが使用されます。この行間はAltフォントには適用されません。下のSample枠内の"Apply"ボタンをクリックするとダイアログの設定でのフォントのサンプルが確認できます。
"Alt"ボタンのクリックで代替フォントの設定ダイアログが開きます。ダイアログはUIフォントの設定と同じです。レス表示でキー（デフォルトではF）を押すことによりレスの本文のフォントが代替フォントに切り替わります。用途としてはAAをずれなく見ることのできるmonafont等を設定することを想定しています。